Mesquite官方版是一款簡單易用的進(jìn)化生物學(xué)軟件，Mesquite官方版界面簡潔大方，功能強(qiáng)勁實(shí)用，操作簡單。其軟件功能包括系統(tǒng)發(fā)育分析、數(shù)據(jù)比較、多變量分析等，采用模塊化的架構(gòu)，且具有可視化的變技術(shù)，可完成復(fù)雜的生物學(xué)數(shù)據(jù)分析。

Mesquite軟件特色

　　1、數(shù)據(jù)管理和處理

　　Mesquite具有許多用于管理數(shù)據(jù)的功能。 它有一個(gè)編輯形態(tài)數(shù)據(jù)的編輯器：

　　DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)：

　　有手動和自動序列比對的工具，以及許多其他工具來操作序列。 還有許多可視化選項(xiàng); 例如，這里有一些蛋白質(zhì)編碼的DNA序列，細(xì)胞的顏色代表核苷酸編碼的氨基酸：

　　許多種類的元數(shù)據(jù)可以附加到矩陣中的分類，字符或單元格，包括注釋，圖像，替代名稱，預(yù)選集合和彩色標(biāo)簽。 所有這些都有助于排序和操作數(shù)據(jù)：

　　2、樹狀圖和分析

　　Mesquite具有許多用于可視化和編輯樹的功能。它不是主要用于推斷系統(tǒng)發(fā)育樹，而是用于已經(jīng)推斷的樹的不同分析。

　　Mesquite有一個(gè)樹查看器和編輯器，您可以從中打印出版質(zhì)量的樹：

　　使用系統(tǒng)發(fā)育樹的分析可以在樹窗口中完成，例如重建祖先狀態(tài)：

　　測試角色演變過程的分析包括Pagel 1994年的相關(guān)性測試和成對比較：

　　像BiSSE這樣的物種多樣化測試可用：

　　使用Mesquite的圖表功能，可以在一組多棵樹上計(jì)算統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，從而可以確定系統(tǒng)發(fā)育不確定性對結(jié)論的影響：

　　聚結(jié)模擬允許測試群體遺傳學(xué)和系統(tǒng)地理學(xué)假設(shè)：

　　可以進(jìn)行多變量分析，包括PCA和CVA，以及嵌入在morphospace中的系統(tǒng)發(fā)育樹：

　　各種其他統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)并在樹上可視化，例如GC / AT組成偏差：

　　3、擴(kuò)展

　　Mesquite的模塊化意味著可以通過添加單獨(dú)分布式軟件包中提供的模塊來擴(kuò)展它。 例如，有一個(gè)名為Chromaseq的軟件包，它提供了處理色譜圖和進(jìn)行堿基調(diào)用的工具：

　　Zephyr允許Mesquite與外部系統(tǒng)發(fā)育推理程序(如RAxML或GARLI)進(jìn)行交互; Zephyr將數(shù)據(jù)發(fā)送到這些程序，然后收集結(jié)果。 對于GARLI，可以在搜索過程中可視化樹：

　　還有另一個(gè)名為TreeSetViz的包，它允許您在樹的相似性的多維空間中可視化樹之間的關(guān)系：

　　制圖師為分類群的繪圖提供工具：

　　包括生成允許您在Google地球中查看樹的KML文件：