Cytoscape是一款圖形化顯示網絡并進行分析和編輯的軟件，支持多種網絡描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，或者利用Cytoscape軟件本身的編輯器模塊直接構建網絡，操作方式便捷。

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功能介紹:

      1、支持多種分析方式，可以選擇分析網絡。

      2、支持分析節(jié)點的子集、批次分析、加載網絡統(tǒng)計信息

      3、繪制參數(shù)、從統(tǒng)計信息生成樣式

      4、使用可擴展對話框界面顯示網絡統(tǒng)計信息

      5、在節(jié)點表中存儲節(jié)點參數(shù)、在邊緣表中存儲邊緣參數(shù)

      6、明亮的顏色映射標準 ameters、暗色映射標準 ameters、中間顏色映射標準 ameters

      7、NetworkAnalyzer、Cytoscape 網絡瀏覽器

      8、合并流程、作業(yè)狀態(tài)監(jiān)視器、命令行對話框、執(zhí)行命令文件

      9、選定的節(jié)點、帶有選項的選定節(jié)點、命令行參數(shù)

      10、Cytoscape 的快速游覽、創(chuàng)建網絡、嵌套網絡

      11、支持的網絡文件格式、節(jié)點和邊列數(shù)據(jù)

      12、風格、應用程序管理器、命令工具、渲染引擎、導出數(shù)據(jù)

      13、Cytoscape 和 OpenCL、Cytoscape.js 和Cytoscape 自動化

Cytoscape軟件特色

      Cytoscape使用可縮放的用戶界面來導航和查看網絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移。縮放根據(jù)用戶想要看到的內容的多少或多少來增加或減少視圖的放大

      節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)

      交互網絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網絡信息作為節(jié)點/邊緣/網絡數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中

      Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導入數(shù)據(jù)。另一個應用程序可以提供一種分析網絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數(shù)應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。

      如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。

使用方法

      Abs -返回一個數(shù)字的絕對值。

      ACos -返回一個數(shù)字的反余弦值。

      反正弦-返回一個數(shù)字的反正弦值。

      返回兩個數(shù)字x和y的反正切。

      平均值——返回一組數(shù)字的平均值。

      Cos -返回弧度中給定的角的余弦值。

      返回其參數(shù)的雙曲正弦值。

      計數(shù)——返回列表中數(shù)字值的數(shù)量。

      度——返回其參數(shù)從弧度轉換為度。

      Exp -返回提高到指定數(shù)字的e。

      Ln -返回一個數(shù)字的自然對數(shù)。

      Log -返回一個數(shù)字到指定基數(shù)的對數(shù)。

      Max -返回一組數(shù)字的最大值。

      中位數(shù)——返回數(shù)字列表的中位數(shù)。

      最小值——返回一組數(shù)字的最小值。

      Mod -計算一個數(shù)字的模量。

      返回p值的近似值。

      弧度-返回從度轉換為弧度的參數(shù)。

      將一個數(shù)字四舍五入到指定的小數(shù)位數(shù)。

      Sin -返回以弧度表示的角的正弦值。

      Sinh -返回其參數(shù)的雙曲正弦。

      根號——計算一個數(shù)字的平方根。

      Tan -返回其參數(shù)的Tan值。

      Tanh -返回其參數(shù)在弧度內的雙曲正切。

      Trunc -截斷一個數(shù)字。

      字符串函數(shù)

      連接-連接兩個或多個文本。

      Left -返回一個s字符串的前綴。

      Len -返回字符串的長度。

      將一個字符串轉換為小寫字母。

      選擇某個文本的子字符串。

      返回字符串的后綴。

      替換——用其他文本替換某些文本。

      文本——使用Java DecimalFormat類的約定來格式化數(shù)字。

      將字符串轉換為大寫。

      值——將字符串轉換為數(shù)字。

      邏輯/布爾函數(shù)

      返回任意數(shù)量布爾值的邏輯連接。

      Not -返回布爾值的邏輯否定。

      返回任意數(shù)量布爾值的邏輯分離。

      列表功能

      First -返回列表中的第一個條目。

      最后-返回列表中的最后一個條目。

      返回列表中的第n項。

      統(tǒng)計功能

      最大-列表中第k個最大的值。

      土地族——一組數(shù)字的幾何平均值。

      HarMean——一組數(shù)字的調和平均值。

      模式——一組數(shù)字的模式。

      返回正態(tài)分布的pdf或CDF。

      Permut——返回給定數(shù)量的對象的排列數(shù)。

      標準偏差樣本。

      Var -樣本方差。

      各種各樣的功能

      返回給定數(shù)量的對象的組合數(shù)。

      If -返回基于布爾值的兩個選項之一。

      返回列表的字符串表示形式。

      現(xiàn)在-返回當前日期和時間的字符串表示形式。

      返回當前日期的字符串表示形式。

用戶評論

      哪個服：

      操作挺簡單的，也比較好用

      部分：

      軟件挺不錯的，使用范圍也挺廣泛的